Los microorganismos son entidades microscópicas presentes en el ambiente, los alimentos y el cuerpo humano. Incluyen bacterias, hongos y protozoos; los virus se estudian junto a ellos, aunque necesitan una célula huésped para multiplicarse. Comprender qué microorganismos son beneficiosos o dañinos ayuda a distinguir la microbiota y los probióticos de los agentes que causan infecciones. Explicamos qué microorganismos son beneficiosos para el ser humano, cuáles son los microorganismos dañinos para el ser humano, qué hacen los microorganismos en nuestro cuerpo y cómo reducir los riesgos.
En breve: no todos los microorganismos tienen el mismo efecto. Algunos forman parte de la microbiota, participan en fermentaciones o contribuyen a producir metabolitos útiles; otros pueden actuar como patógenos y causar infecciones. La especie, la cepa, la cantidad, la vía de entrada y el estado de la persona influyen en que un microorganismo resulte beneficioso, inocuo o perjudicial.
- Beneficiosos: pueden colaborar con la digestión, la microbiota intestinal o la elaboración de alimentos fermentados.
- Perjudiciales: determinados microorganismos pueden causar enfermedades, producir toxinas o alterar alimentos.
- Depende del contexto: no siempre es correcto clasificar una especie completa como buena o mala sin considerar la cepa y las condiciones.

Con estas imágenes de microorganismos beneficiosos y perjudiciales puedes reconocer algunos ejemplos habituales.
¿Cómo se clasifican los microorganismos?
Para comprender cuáles son los microorganismos, qué funciones cumplen y qué hacen los microorganismos en el interior de nuestro cuerpo, conviene diferenciar los principales grupos estudiados en microbiología. No todos tienen la misma estructura ni se relacionan del mismo modo con las personas. Esta clasificación ayuda a valorar qué microorganismos son beneficiosos o dañinos según la especie y el contexto:
- Las bacterias: son organismos unicelulares. Muchas forman parte de la microbiota, intervienen en ciclos naturales o se utilizan en la elaboración de alimentos; otras pueden causar enfermedades.
- Los virus: son agentes infecciosos acelulares que contienen material genético. No pueden multiplicarse por sí mismos y necesitan utilizar la maquinaria de una célula huésped.
- Los hongos microscópicos: incluyen levaduras y mohos. Algunos participan en fermentaciones o en la descomposición de materia orgánica, mientras que otros pueden provocar alergias, intoxicaciones o infecciones.
- Los protozoos y otros parásitos microscópicos: pueden vivir libremente o depender de un huésped. Algunas especies son inocuas y otras causan enfermedades, como la malaria o la amebiasis.
¿Qué microorganismos son beneficiosos para el cuerpo humano?
Los microorganismos beneficiosos para el ser humano pueden formar parte de la microbiota normal o utilizarse en productos concretos. Entre los beneficios de los microorganismos se encuentran la participación en la digestión, la producción de determinadas vitaminas y la competencia con especies potencialmente patógenas. Los probióticos, por su parte, son microorganismos vivos destinados a aportar un beneficio cuando se administran en cantidades adecuadas. Sus efectos dependen de la especie y de la cepa, por lo que no todos actúan igual ni sustituyen un tratamiento médico.
Estos cinco ejemplos permiten entender mejor qué se considera un microorganismo beneficioso o potencialmente útil:
Algunas cepas se emplean en alimentos fermentados y suplementos. Pueden contribuir al equilibrio de la microbiota intestinal, aunque los efectos clínicos deben atribuirse a cepas concretas y no a toda la especie.
Varias especies habitan de forma natural en el intestino y algunas se incorporan a productos probióticos. Participan en la fermentación de ciertos componentes de la dieta.
Es una bacteria láctica utilizada habitualmente junto con otras especies en la elaboración del yogur y contribuye a la fermentación de la lactosa.
Se utiliza en la producción de quesos y otros alimentos fermentados porque transforma azúcares en ácido láctico.
Es una levadura empleada como probiótico en determinados productos. Su utilidad depende de la indicación, la dosis y la situación de la persona.
Expresiones como microorganismos buenos sirven para divulgar el tema, pero son simplificaciones. Una misma especie puede incluir cepas con comportamientos distintos, y un microbio útil en un proceso alimentario no tiene por qué producir un beneficio dentro del organismo. Por eso, al comparar microorganismos beneficiosos y perjudiciales y determinar qué microorganismos son beneficiosos o dañinos, es importante atender a la especie, la cepa, la cantidad y el contexto.
Microbiota intestinal, flora intestinal y salud
La microbiota intestinal es la comunidad de microorganismos que habita el intestino. La expresión flora intestinal sigue utilizándose de forma coloquial, aunque microbiota es un término más preciso. Estos microorganismos interactúan con los alimentos, con la barrera intestinal y con el sistema inmunitario, por lo que su equilibrio forma parte de la salud intestinal.
Algunas bacterias intestinales fermentan componentes de la dieta que no se digieren por completo y generan metabolitos como los ácidos grasos de cadena corta, entre ellos acetato, propionato y butirato. Estos compuestos participan en el entorno intestinal y en distintas funciones fisiológicas. Por eso, hablar de microorganismos beneficiosos para la salud exige diferenciar entre microorganismos de la microbiota, fermentos alimentarios y cepas probióticas con efectos estudiados.
Alimentos con microorganismos beneficiosos para la salud
Los beneficios del reino monera para el ser humano son indiscutibles. La fermentación utiliza el crecimiento controlado de microorganismos para transformar componentes de los alimentos. Sin embargo, un alimento fermentado no es automáticamente probiótico: para recibir esa consideración, sus microorganismos vivos deben estar bien identificados y contar con evidencia de un beneficio concreto. El procesado y la conservación también influyen al determinar qué microorganismos son beneficiosos o dañinos.
Estos son algunos alimentos con microorganismos beneficiosos para la salud:
- Yogures: los elaborados con cultivos vivos contienen bacterias lácticas, como Streptococcus thermophilus y especies utilizadas como fermentos; conviene comprobar el etiquetado.
- Kéfir: es un producto fermentado mediante una comunidad de bacterias y levaduras. Su composición cambia según el cultivo y el proceso de elaboración.
- Chucrut: se obtiene por fermentación de la col. Las versiones pasteurizadas o cocinadas pueden no conservar microorganismos vivos.
- Miso: es una pasta de soja fermentada. El calentamiento intenso puede reducir o eliminar los microorganismos vivos presentes en el producto.
- Tempeh: es un alimento de soja fermentada que aporta proteínas vegetales; normalmente se cocina antes de consumirlo, por lo que no debe describirse siempre como una fuente de probióticos vivos.
Una dieta equilibrada debe priorizar la variedad de alimentos, las frutas, las verduras, las legumbres y otras fuentes de fibra. Los alimentos fermentados pueden formar parte de ese patrón, pero no garantizan por sí solos una salud intestinal óptima. En personas con enfermedades graves, defensas bajas o necesidades clínicas específicas, el uso de suplementos probióticos debe consultarse con un profesional sanitario.
¿Qué microorganismos son dañinos para el ser humano?
Para distinguir qué microorganismos son beneficiosos o dañinos, no basta con conocer su nombre. Los microorganismos dañinos para el ser humano son aquellos capaces de causar una infección, producir toxinas o deteriorar alimentos en determinadas condiciones. También se denominan microorganismos patógenos o perjudiciales. Que una especie pueda causar enfermedad no significa que todas sus cepas produzcan siempre el mismo efecto. Los que pueden resultar más dañinos son:
Puede causar otitis media, sinusitis, neumonía, meningitis e infecciones de la sangre. Algunas cepas presentan resistencia a uno o varios antibióticos, por lo que el tratamiento debe basarse en la valoración clínica y, cuando corresponde, en pruebas de sensibilidad.
Puede ocasionar infecciones leves, como otitis, y otras graves, como neumonía, meningitis o infección del torrente sanguíneo. A pesar de su nombre, esta bacteria no causa la gripe, que es una infección vírica.
Coloniza la mucosa del estómago. La infección crónica puede producir gastritis y úlceras pépticas y aumenta el riesgo de determinados cánceres gástricos, aunque muchas personas infectadas no presentan síntomas.
Como ejemplos de 5 bacterias perjudiciales para el ser humano pueden citarse las siguientes:
- Escherichia coli (E. coli): muchas cepas son inocuas y forman parte del intestino, pero algunas provocan enfermedad gastrointestinal o infecciones urinarias.
- Streptococcus pyogenes: puede causar faringitis, infecciones cutáneas y, en casos menos frecuentes, enfermedades invasivas.
- Staphylococcus aureus: puede vivir en la piel o en la nariz sin causar síntomas, aunque algunas cepas producen infecciones y toxinas.
- Salmonella: determinadas especies y serotipos ocasionan infecciones transmitidas por alimentos o agua contaminados.
- Helicobacter pylori: se asocia con inflamación crónica del estómago, úlceras y un mayor riesgo de algunas enfermedades gástricas.
Beneficiosos, oportunistas y patógenos: diferencias básicas
Conviven con el organismo o participan en procesos útiles sin causar enfermedad en condiciones habituales.
Pueden convivir sin causar problemas, pero provocar infección si cambian las condiciones o alcanzan zonas del cuerpo donde no deberían estar.
Tienen capacidad para provocar enfermedad mediante invasión, daño tisular o producción de toxinas, según el microorganismo.
Infecciones causadas por microorganismos y cómo prevenirlas
Hablar de microorganismos buenos y malos ayuda a introducir el tema, pero la realidad es más compleja: la mayoría de los microbios del entorno no provocan enfermedades y algunos son esenciales para los ecosistemas o la microbiota. Para saber qué microorganismos son dañinos, hay que valorar su capacidad para infectar, producir toxinas, transmitirse y superar las defensas del huésped.
Las infecciones se clasifican según el agente que las causa. Algunos ejemplos habituales son:
- Las infecciones causadas por bacterias incluyen la infección urinaria, algunas neumonías, la faringitis estreptocócica y la tuberculosis.
- Las infecciones causadas por virus incluyen la gripe, la COVID-19, el resfriado común y las hepatitis víricas.
- Las infecciones causadas por hongos incluyen la candidiasis, el pie de atleta y la tiña.
- Las infecciones causadas por protozoos incluyen la malaria, la toxoplasmosis y la amebiasis.
Las infecciones bacterianas se producen cuando determinadas bacterias patógenas entran en el organismo, se multiplican y provocan infecciones o daño. No todas las bacterias causan enfermedades, y los antibióticos solo son útiles frente a infecciones bacterianas cuando están indicados; no sirven para tratar infecciones causadas por virus.
¿Cómo prevenir las infecciones causadas por microorganismos?
La prevención comienza con hábitos de higiene proporcionados. Conviene mantener una buena higiene bucal, limpiar las uñas sin dañar la piel, cubrirse al toser o estornudar y evitar compartir objetos personales cuando existe riesgo de transmisión. También es importante seguir los calendarios de vacunación y las recomendaciones sanitarias aplicables a cada edad y situación.
El lavado de manos con agua y jabón es especialmente importante antes de preparar alimentos y antes de comer, después de ir al baño, después de toser, estornudar o sonarse y cuando las manos están visiblemente sucias. Si no están visiblemente sucias y no se dispone de agua y jabón, puede utilizarse una solución hidroalcohólica con al menos un 60 % de alcohol.
El descanso adecuado, la actividad física y una alimentación equilibrada contribuyen al mantenimiento general de la salud, pero no impiden por sí solos todas las infecciones. Ante fiebre persistente, dificultad para respirar, deshidratación, confusión u otros síntomas intensos, es necesario solicitar atención sanitaria.
También debemos mantener la higiene en nuestros hogares, separar los alimentos crudos de los cocinados, conservarlos a temperaturas seguras y lavar bien los alimentos cuando corresponda. Estas medidas reducen la exposición a microorganismos perjudiciales sin caer en la idea errónea de que es posible o deseable eliminar todos los microbios del entorno.
Preguntas frecuentes sobre microorganismos beneficiosos y dañinos
¿Cuáles son 5 microorganismos beneficiosos para el ser humano?
Entre los ejemplos que pueden resultar útiles en contextos concretos se encuentran Lactobacillus acidophilus, especies de Bifidobacterium, Streptococcus thermophilus, Lactococcus lactis y Saccharomyces boulardii. Sus efectos no son idénticos: dependen de la especie, la cepa, el uso y, en el caso de los probióticos, de la evidencia disponible.
¿Qué diferencia hay entre flora intestinal y microbiota intestinal?
Ambas expresiones suelen emplearse para hablar de los microorganismos que viven en el intestino. Sin embargo, microbiota intestinal es el término más preciso porque describe una comunidad de bacterias, hongos, virus y otros microorganismos. Flora intestinal es una denominación tradicional que todavía aparece con frecuencia en textos divulgativos.
¿Cómo ayudan los microorganismos beneficiosos a la salud intestinal?
Algunos microorganismos de la microbiota compiten por espacio y nutrientes con otros microbios, participan en la transformación de componentes de la dieta y producen metabolitos, como determinados ácidos grasos de cadena corta. Estas interacciones forman parte del equilibrio intestinal y de la relación entre la microbiota, la barrera intestinal y el sistema inmunitario.
¿Qué microorganismos son dañinos para el ser humano?
Son dañinos aquellos microorganismos capaces de provocar enfermedad en determinadas condiciones. Entre ellos puede haber bacterias, virus, hongos y protozoos. Ejemplos citados en este artículo son Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, algunas cepas de Escherichia coli, Staphylococcus aureus y especies de Salmonella.
¿Cómo explicar los microorganismos beneficiosos y perjudiciales para niños?
Una forma sencilla es explicar que los microorganismos son seres o agentes tan pequeños que normalmente necesitamos un microscopio para estudiarlos. Algunos ayudan a elaborar yogur o forman parte de nuestro cuerpo; otros pueden causar enfermedades. Lo importante es entender que su efecto depende del tipo de microorganismo y del lugar donde se encuentre.



